บ้านคลองใหญ่ แต่เดิมชื่อหมู่บ้านสะพงแฝด หรือหมู่บ้านต่อแดน ตั้งอยู่ตอนใต้ของบ้านหนองบัว หลังจากนั้นมา ประมาณ 2 ปี ได้ย้ายถิ่นฐานมาอยู่ที่หมู่บ้านหนองบัว หรือ เนินผี และประมาณปี 2455 ได้ย้ายมาจากบ้านหนองบัวมาอยู่ที่ริมคลองใหญ่ จึงได้ตั้งชื่อหมู่บ้านใหม่ว่า "บ้านคลองใหญ่"เมื่อประมาณปี พ.ศ.2522 ประเทศกัมพูชามีการสู้รบ จึงต้องมีการอพยพที่อยู่ใหม่จากหมู่บ้านคลองใหญ่ ไปอยู่ที่หมู่บ้านหนองบอนและเหตุการณ์การสู้รบได้คลี่คลายลง จึงได้ย้ายเข้ามาอยู่ที่บ้านคลองใหญ่ เมื่อปี พ.ศ.2535 ผู้ว่าราชการจังหวัดจันทบุรี ได้ดำเนินการตั้งและกำหนดเขตตำบลภายในท้องที่ โดยอาศัยอำนาจตามความในมาตรา 6 และมาตรา 29 แห่งพระราชบัญญัติลักษณะปกครองท้องที่ พุทธศักราช 2475 จึงได้ตั้งตำบลคลองใหญ่ ในท้องที่อำเภอโป่งน้ำร้อน โดยแยกมาจากตำบลโป่งน้ำร้อน ประชาชนส่วนใหญ่เป็นคนในพื้นที่นับถือศาสนาพุทธ ประกอบด้วยหมู่บ้าน 7 หมู่บ้าน คือ บ้านหนองบอนบ้านเสียมจับ บ้านผักกาด บ้านคลองใหญ่ บ้านป่าวิไล บ้านมะรุม บ้านนา